$(window).on("load", function() {
	$('.brainsvg').each(function() {
		var obj = $(this).find('object')[0];
		if (obj) {
			var $svg = $(obj.contentDocument).find('svg');
			$svg.find('g:has(title), path:has(title)').each(function () {
				var t = $(this).find('title:first');
				$(this).attr('title', t.text().charAt(0).toUpperCase() + t.text().slice(1));
				t.remove();
			});
			toggleBrain(this, 'expression', $svg);
			$svg.appendTo($(this));
			$(obj).remove();
		}
	});
	$('.brainsvg').on('toggle_brain', function(e, type) {
		var $svg = $(this).find('svg');
		toggleBrain(this, type, $svg);
	});
	$('.brain_region_button').on('click', function(e, type) {
		var region = $(this).text();
		$('.brainregion').hide();
		$('.brain_region_button').removeClass('selected');
		$('.'+region).toggle();
		$(this).addClass('selected');
		setCookie('brain_region', region);
		//toggleBrain(this, type, $svg);
	});
});

function toggleBrain(brain, type, $svg) {
	$svg.find('.region').css({'fill':'#fff', 'opacity':'1'});
	$(brain).closest('.brainContainer').find('.brainrna').each(function() {
		var region = $(this).attr('brainregion').replace(/[^\w\s]/gi, ''); //remove special chars from region names in svg
		if (!region) return;
		var nx = $(this).attr('nx')*1;
		var color = $(this).attr('color');
		var pfcassay_mod = $(this).attr('pfcassay') ? 0.9 : 0;
		var $g = $svg.find('.'+region).css({'fill':'#fff', 'opacity':'1'});
		if (type == 'expression') {
			var opacity = nx>0? Math.log((nx+pfcassay_mod))/Math.log(5740) : 0;
			if (opacity>0) $g.css({'fill':'hsl(0, 100%, '+(100-50*(Math.log((nx+pfcassay_mod))/Math.log(5740)))+'%)'});
		}
		else if (type == 'detection') {
			if (nx > 1-pfcassay_mod) $g.css('fill', color);
		}
		else if (type == 'all') {
			$g.css('fill', color);
		}
	});
}